Il Battistero di San Giovanni ad Fontes è il monumento più antico e più prezioso di Lomello. La costruzione originaria risale probabilmente al V secolo, ma è stato ricostruito nell'VIII secolo in stile longobardo. L'edificio, in mattoni, con pianta ottagonale inserita in una croce latina, è lungo circa 17 metri, largo 15 e alto circa 13 metri; presenta dunque un'evidente asimmetria. Ha un tamburo ottagono nel quale vi sono otto finestre con arco a tutto sesto affiancate da due nicchie a cuspide.
Lungo il davanzale delle finestre c'è una cornice di mattoni orizzontali dentellati, ripetuta anche sotto la grondaia. Al culmine del tetto vi è un piccolo tiburio a due piani, ornato con monòfore sormontate da bifore. La muratura esterna della parte inferiore del Battistero è stata realizzata con mattoni sesquipedali (di recupero) risalenti al IV secolo. La muratura della parte superiore è più tarda ed è ornata con laterizi più piccoli e scadenti, riconducibili ad epoca paleocristiana.
Attorno alla costruzione si conservano alcune tombe romane con copertura a tegoloni.
Il Battistero presenta due porte d'ingresso: quella principale a occidente e quella minore, a settentrione, che rende più agile l'ingresso alla basilica. I bracci della croce sono disuguali, raccordati da grandi nicchie a ferro di cavallo. La presenza dell'arco a ferro di cavallo rivela un influsso orientale, infatti Lomello si trova su strade di grande comunicazione, esposto a vari influssi artistici. Il braccio orientale, più grande degli altri, funge anche come abside.
L'interno del Battistero, ha subito un significativo restauro nel 1940, in occasione del quale sono state intonacate le murature interne. La cupola è emisferica con otto spicchi triangolari, costruita con materiale di recupero (cocci, embrici, ecc.).
Al centro vi è il Fonte battesimale per il battesimo ad immersione, risalente all'età longobarda, a forma di esagono irregolare.
La forma esagonale ricorda l'arte delle regioni di Aquileia e dell'Istria.
La vasca ha il parapetto in muratura di mattoni intonacata, con un gradino di accesso sul lato sud. Dentro la vasca è stato inserito un pozzetto, profondo 50 cm., per contenere l'acqua santa utilizzata nella cerimonia del battesimo. Sul fondo si trovano alcuni frammenti del pavimento originario in marmo, realizzato con la tecnica dell'opus sectile.
Lo studio del fonte ha dimostrato che il materiale utilizzato è tutto di recupero.
Testimonianze antiche affermano che la risega (cioè la parte rientrante del muro) si presenta in ottimo stato, e sotto la risega fu trovato un canale d'acqua.
Il pozzetto è contornato da bordi color rosso vivace, sopra il quale vi è una croce rossa su fondo grigio, attraversata dalla scritta: Piscina.
Le parti interne del parapetto sono intonacate e dipinte, decorate con losanghe rosse e fasce grigio azzurre, motivi geometrici simili a quelli presenti nelle basiliche bizantine.
Nel braccio sud del Battistero, sulle pareti, si nota un frammento di affresco in cui si scorge un panneggio grigio con croci greche rosse inserite in circoli e losanghe.
Nella nicchia semicircolare a sud-est del Battistero sono presenti resti della pavimentazione ad "opus sectìle" cioè esagoni e rombi connessi in modo irregolare.
